Sie ist eine Operation, bei welcher die Vorhaut am Penis eingeschnitten oder entfernt wird. Man führt die Beschneidung z.B. bei einer Vorhautverengung (Phimose) durch. In einigen Kulturen wird sie aus hygienischen (damit sich unter der Vorhaut kein Smegma ansammeln kann) und in anderen aus religiösen Gründen vorgenommen (z.B. bei Juden und Moslems). Nachdem die Vorhaut entfernt wurde, besteht für die Eichel kein Schutz mehr. So kann die Empfindlichkeit der Eichel abnehmen, z.B. durch ständigen, direkten Kontakt mit der Kleidung.
Durch die Beschneidung kommt es zu einer Verringerung der Schleimhautoberfläche. Vor allem Vorhaut, die bei einer Beschneidung ganz oder teilweise entfernt wird, ist an ihrer Unterseite reich an Langerhans-Zellen und Lymphozyten, die HIV aufnehmen können. Auch andere sexuell übertragbare Erkrankungen treten seltener auf, wodurch deren Rolle als Kofaktoren, die eine HIV-Infektion begünstigen, reduziert wird. Unbeeinflusst von einer Beschneidung bleiben aber weitere Eintrittspforten für HIV am Penis erhalten: die Schleimhaut der Harnröhrenöffnung und vor allem am Bändchen (Frenulum), das bei der Beschneidung meist erhalten bleibt.
Weltweit gibt es Gebiete, in denen Beschneidungen an den weiblichen Geschlechtsorganen durchgeführt werden. Ohne Narkose werden die Schamlippen und/oder die Klitoris bei den noch sehr jungen Mädchen entfernt und/oder zusammengenäht. Da diese Eingriffe oft unter sehr unhygienischen Bedingungen stattfinden, kommt es oft zu Infektionen. Viele sterben daran oder haben ein Leben lang Schmerzen, nicht zu vergessen die psychischen Schäden, die sie davon tragen.
In Deutschland und allen anderen Staaten der Europäischen Union gilt die Beschneidung der Schamlippen und/oder Klitoris als Körperverletzung und ist somit strafbar. Sie ist eine traumatisierende Menschenrechtsverletzung, die mit Gewalt praktiziert wird.